在传统的萃取过程中,能量先无规则地传递给萃取剂,然后萃取剂扩散进入基体物质,再从基体溶解或夹带多种成分扩散出来,即遵循加热>渗透进基体>溶解或夹带>渗透出来的模式。微波萃取法则是利用微波能来提高萃取效率的一种新技术。不同物质的介电常数不同,其吸收微波能的程度不同,由此产生的热能及传递给周围环境的热能也不相同。在微波场中,吸收微波能力的差异使得基体物质的某些区域或萃取体系中的某些组分被选择性加热,从而使得被萃取物质从基体或体系中分离,进入到介电常数较小、微波吸收能力相对较差的萃取剂中。
作为一种电磁波，微波具有吸收性、穿透性、反射性，即：它可为性物如水等选择性吸收，从而被加热，而不为玻璃、陶瓷等非性物吸收，具穿透性。金属要反射微波。
分子对微波具有选择性吸收，性分子可吸收微波能，然后弛豫，以热能形式释放能量，或者说由于性分子的两偶在微波的较低频电磁场中将有时间欲与外电场达成一致而振荡，但微波频率要比分子转动频率快，迫使分子在转动时太快速取向而通过碰撞、磨擦放能生热。分子对不同频率的微波吸收能力不同。将水与含有金属离子的水溶液相比，用微波辐射，后者温升更高。这可用微波的传导机理解释：溶液中的离子在交变电场作用下迁移，由于不断碰撞产生热能。水要吸收微波，加上盐的作用，盐水吸收微波后温升更高。
从实验看，相比于一般的热源，微波有使被加热物温度升高快的优点，象加热用的容器：玻璃、塑料不会升温，而内盛的含水物升温快，表面无孔的物体（如鸡蛋）在加热前，必须划开表皮后，再放入微波炉中加热，否则表面无孔的物体受热膨胀，会爆裂。用塑料带装含水物体，用微波辐照加热时，须敞口，否则含水物体加热后，气体膨胀出现炸裂现象。这些事实表明微波加热是“内加热”。用电炉加热则是利用了空气的对流，玻璃器皿的热传导作用，这种加热方式能量损失大。
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