微波灭菌机主要是利用微波热效应和生物效应相互作用，使食品中的微生物，同时受到多重作用，使其体内蛋白质和生理活动物质发生变异，而导致微生物体生长发育延缓和死亡，以达到食品灭菌、保鲜，从而延长保质期的目的。